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国家技术创新计划管理办法
第一章 总则第一条 为促进国家技术创新计划的科学化管理，根据《中华人民共和国科学技术进步法》、《中华人民共和国促进科技成果转化法》等有关法律、法规，制定本办法。第二条 国家技术创新计划（以下简称创新计划）是在国家财政、金融政策支持下，引导和吸收社会力量，加快技术创新，增强企业技术创新能力和市场竞争能力的国家计划。第三条 创新计划围绕国民经济发展的总体要求，针对国家产业及产品结构调整中的突出问题，通过开展技术创新，重点解决产业中的共性、关键性和前瞻性技术，并有效地促进科技成果转化为现实生产力，实现产业优化升级，保障国民经济持续快速健康发展。第四条 创新计划包括产业技术开发、工业性试验、新技术推广应用示范、产学研联合开发、重大技术装备研制、技术中心建设、技术创新服务体系建设和新产品试产等内容。第二章 组织管理第五条 国家经济贸易委员会（以下简称国家经贸委）是创新计划的主管部门，主要履行下列职责：
（一）研究提出技术创新发展规划；
（二）组织确定创新计划重点领域，发布项目指南；
（三）编制和下达年度创新计划；
（四）组织、协调创新计划的实施与管理工作。第六条 各省、自治区、直辖市、计划单列市及新疆生产建设兵团经贸委（经委）作为项目主持单位，负责本地区创新计划的组织与实施；部分中央企业作为项目主持单位负责创新计划中本企业（集团）项目的组织与实施。
项目主持单位主要履行下列职责：
（一）组织本地区和本企业（集团）创新计划项目的汇总及申报工作；
（二）组织国家技术创新计划项目可行性研究报告的论证和审查工作，与项目承担单位签订国家技术创新计划项目目标责任书；
（三）监督、检查项目的执行情况；
（四）将本地区和本企业（集团）的年度项目执行情况汇总并报国家经贸委；
（五）承担国家经贸委委托的其他有关工作。第七条 创新计划的项目承担单位应具备下列条件：
（一）具有法人资格；
（二）具备较好的经营管理水平和健全的财务核算管理体系；
（三）具备承担项目所需的技术创新能力和经济实力。
创新计划项目承担单位，主要履行下列职责：
（一）确定项目责任人；
（二）编制并向项目主持单位提交国家技术创新计划项目申请表、国家技术创新计划项目立项建议书和国家技术创新计划项目可行性研究报告；
（三）与项目主持单位签订国家技术创新计划项目目标责任书，并严格执行；
（四）准确、如实报告项目年度实施情况和经费安排；
（五）接受主管部门和项目主持单位或其委托的机构所进行的评估和检查；
（六）及时报告项目执行中出现的重大事项；
（七）报告项目执行中知识产权管理情况，提出建议；
（八）项目完成后，及时向项目主持单位提交项目验收申请。第三章 计划编制第三章 计划编制第八条 编制创新计划应当遵循下列原则：
（一）坚持技术创新与制度创新、管理创新相结合，发挥整体优势，全面有效地推动产业技术进步；
（二）以开发共性、关键性、前瞻性技术为重点，形成系统配套，加快产业技术升级；
（三）以市场为导向，以效益为中心，以增强企业创新能力和市场竞争力为目标，加快高新技术和先进适用技术的推广应用；
（四）以企业为主体，鼓励企业与高等院校、研究院所联合，提高技术创新的起点和水平；
（五）鼓励自主创新，促进形成具有自主知识产权的产品和技术；
（六）保障国民经济持续快速健康发展。第九条 编制创新计划的依据为：
（一）国民经济和社会发展计划；
（二）国家产业发展规划和国家产业技术政策；
（三）全国技术创新纲要；
（四）全国企业技术进步工作的整体部署；
（五）近期技术创新发展重点；
（六）国家重大技术装备研制规划。第十条 编制创新计划的程序为：
（一）国家经贸委根据国民经济和社会发展需要、经济运行情况以及产业技术发展方向，确定并发布技术创新计划项目指南，内容包括当年发展的产业技术领域、研究开发重点和技术创新目标等。
（二）项目承担单位依据项目指南提出立项申请，并提交项目申请表和项目立项建议书等申报材料。
（三）项目主持单位根据项目指南和有关要求对申报材料进行审查后，上报国家经贸委。
（四）国家经贸委组织专家组或委托相关机构对申报项目进行评审和筛选，提出评审意见。
（五）国家经贸委根据《国家技术创新项目招标投标管理办法》，对重大项目组织招标，确定项目承担单位。
（六）国家经贸委根据评审意见或招标结果，组织编制并下达年度国家技术创新计划。
如何加强企业创新体系建设研究
提高企业自主创新能力，建立企业为主体、市场为导向、产学研结合的技术创新体系，是企业生存、发展和提高综合竞争力的根本途径，是增强自主创新能力、建设创新型国家的迫切要求，是当前应对国际金融危机、促进经济平稳较快发展的当务之急。近年来，我国企业技术创新积极性迅速增强，但从总体上看，我国企业的技术创新能力还比较薄弱。要加快推进技术创新工程，综合运用政策、投入、金融、服务等多元化的支持方式，引导各类创新要素向企业集聚，使企业真正成为研究开发投入的主体、技术创新活动的主体和创新成果应用的主体。 一是完善和落实激励企业自主创新的相关政策。进一步落实《规划纲要》配套政策及其实施细则，特别是与激励企业自主创新相关的税收优惠、金融支持、政府采购等政策，加强政策的宣传和培训，使企业能真正享受到政策带来优惠，激励企业增加研发投入，提高自主创新能力。做好政策实施的评估督促，建立政策跟踪研究和不断完善的长效机制，在实践中健全和完善政策体系。 二是加大对企业技术创新的支持力度。支持企业更多地承担国家及地方重大科技项目。鼓励科研机构和高等院校面向企业开放共享科技资源。建设一批面向企业的技术创新服务平台，帮助企业开发新产品、调整产品结构、创新管理和开拓市场，提升核心竞争力。构建一批产业技术创新战略联盟，促进产学研紧密结合。加大对科技型中小企业技术创新的财政支持力度，建立和完善支持中小企业发展的科技投融资体系和风险投资机制，发展科技中介服务机构，扶持和壮大一批具有创新能力和自主知识产权的中小企业。 三是加强企业研发条件和人才队伍建设。加快推进创新型企业建设。在具备条件的企业建立国家重点实验室、工程中心等基地，鼓励企业与大学、科研机构共建各类研究开发机构，支持企业研发能力建设。鼓励企业引进海外高层次人才，开展各类人才的培训，与高等院校和科研院所共同培养技术人才。鼓励企业探索建立知识、技术、管理等要素参与分配的制度和措施。 四是组织和动员科研院所和高校的科技人员深入企业开展多元化的创新创业服务。利用科技中介机构、技术转移机构等搭建科技人员与企业双向选择的信息交流平台，形成科技人员服务企业的长效机制。从科研院所和高校选派一批科技人员进入企业，研发技术、开发产品。特别是鼓励科技人员带技术、带产品进入企业推广应用。鼓励科技人员直接创办科技型中小企业，促进科技创业。
怎样 建设"三大体系"以提高科技创新能力
1．重大科技基础设施建设工程。
着眼于经济社会全面、协调、可持续发展和国家安全对科技进步的重大需求，面向国际科学技术前沿，在我国具有相对竞争优势和国家现代化建设需要的战略性高技术领域，超前谋划、突出重点、整合资源，高起点、高水平地建设12项战略性、标志性的国家重大科技基础设施，为取得一批具有重大科学意义的创新性成果、缓解资源环境约束、突破战略性高技术产业的科技“瓶颈”提供强有力的支撑。同时要探索和创新国家重大科技基础设施的建设机制、管理机制和使用机制，保证资源共享、充分利用，切实发挥科技基础设施的公共效益。
“十一五”期间重点建设散裂中子源、强磁场装置、大型天文望远镜、海洋科学综合考察船、航空遥感系统、结冰风洞、大陆构造环境监测网络、重大工程材料服役安全研究评价设施、蛋白质科学研究设施、子午工程、地下资源与地震预测极低频电磁探测网、农业生物安全研究设施等12项国家重大科技基础设施。
2．科技基础条件平台建设工程。
构建布局合理、开放高效的科技资源共享体系。以改革为动力，以资源共享为核心，积极探索新的管理体制和运行机制，打破资源分散、封闭和垄断的状况，不断提高我国科技资源的利用效率。加强统筹规划，在国家层面上做好科技资源共享的顶层设计。结合我国各类科技资源的特点，借鉴国际相关标准和规范，制订法规规章、技术标准和管理制度，确保在不同部门、地方和单位间实现共享科技条件资源。充分运用信息、网络等现代技术，对科技资源进行战略重组和系统优化，促进全社会科技资源高效配置和综合集成，提高科技创新能力。
推进大型科学仪器设备、设施的共建共享，逐步形成全国性的共享网络；改善现有的野外观测台站观测环境和科研条件，形成一批联网运行和资源共享的综合性、专业性野外观测实验基地。整合和完善国家种质资源库、国家实验材料和标准物质资源库、国家岩矿化石标本和生物标本资源库（馆）。构建集中与分散相结合的国家科学数据中心群，推动面向各类创新主体的共享服务网建设，形成国家科学数据分级分类共享服务体系。建设数字化的科技文献资源库，促进相关部门、地方科技文献网络系统的对接和共享，构建种类齐全、结构合理的国家科技文献资源保障和服务体系。选择若干重大科学领域构建网络实验环境，充分利用现代信息技术和公共网络基础设施，营造服务于全社会科技创新活动的跨地域、实时的网络协同环境。
3．知识创新工程。
建设若干高水平的科研机构和研究型大学。发挥科研机构和大学的创新源头作用，加强科研机构和大学的基础研究和高新技术研究设施建设，促进科研机构和大学的联合，形成一批具有国际影响的科学研究基地。发挥大学和科研机构在培养优秀创新人才方面的作用，将自主创新基础设施建设与高层次创新人才培养相结合，构筑高水平人才培养基地。
全面推进中科院知识创新三期工程。以提高解决我国经济社会发展的重大科技问题的能力，提高为落实科学发展观提供知识基础和技术支撑的能力，提高保障国家安全、应对世界新军事变革的能力为目标，发挥多学科综合优势并进行系统集成创新，进一步推进新兴、交叉学科等的形成，建立有利于人才脱颖而出、合理流动、人尽其才的机制与环境。面向基础研究，建设依托大科学装置的综合研究基地。面向战略高技术开发，建设信息、空间、先进能源、先进制造与新材料等科技创新基地。面向经济社会可持续发展相关研究，建设人口健康与医药、先进工业生物技术、现代农业科技、生态与环境科技、资源与海洋科技等科技创新基地。
实施高校科技创新工程，加强高校自主创新基础能力建设。强化科技创新与高等教育的紧密互动与结合。发挥高校在学科齐全、人才密集、学术思想活跃以及科学研究与人才培养紧密结合等方面的优势，实施学科交叉、综合集成战略，建设若干跨高校的科学研究中心，促进高校间的优势集成，强化高校创新基地的综合性、交叉性，提高国际化水平。组建一批科研设施精良，创新人才汇聚、学术氛围宽松的综合性、开放式、国际化的大型原始性科技创新基地。注意发挥行业、地方等高校的特色和优势，进一步促进产学研结合。实施拔尖创新人才引进和培养计划，完善人才培养设施，构建定位明确、层次清晰、衔接紧密、促进优秀创新人才可持续发展的培养和支持体系。
4．技术创新工程。
建立产业自主创新的基础支撑平台。以建设企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系为目标，以提高自主创新能力为主线，围绕《科技规划纲要》确定的重点任务和重大科技专项，在加快高技术产业发展、节约资源能源及提高开发利用效率、促进农业产业结构调整升级和提升装备制造业核心竞争力四个重点领域，从产业技术原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新三个层面，加强技术创新设施建设，实施技术创新引导工程。新建一批国家工程实验室，提升我国产业技术原始创新能力；新建和完善一批国家工程研究中心，提升我国战略产业和主导产业技术集成创新能力；支持建设和加强一批企业技术中心，提升企业自主研发和引进技术的消化吸收再创新能力。
以加快信息、生物等高技术产业发展，推进国民经济信息化进程，培育产业核心竞争力为目标，在核心电子器件、高端通用芯片、集成电路和软件、下一代网络、新一代无线移动通信、先进计算、信息安全、重大新药创制、重大传染病防治、现代中药等领域，建设若干支撑产业核心技术研发的设施。
以缓解资源、能源瓶颈制约及减少环境污染，保障可持续发展为目标，在油气及矿产资源勘探与采收、煤炭高效安全开采与洁净转化、特高压输变电与电力系统安全、可再生能源、先进冶金工程、水体污染控制与治理、水资源综合利用等领域，建设若干共性、关键性技术开发、试验的设施。
以促进农业产业结构调整升级，推进现代农业和农村经济持续、稳定、健康发展为目标，在农业优良品种选育、农业资源高效利用、农产品深加工与食品安全等领域，建设若干先进、适用技术的研究试验设施。
以振兴装备制造业，推进东北等老工业基地改造，实现由制造业大国向制造业强国转变为目标，在轨道交通、船舶与海洋工程、节能与新能源汽车、高档数控机床与基础制造、大型清洁火电与核电、大型飞机、新材料等领域，建设若干重要装备设计、系统集成和先进制造工艺开发、试验设施。
国家科技创新体系的发展规划
发展思路：以建设企业为主体、市场为导向、产学研结合的技术创新体系为突破口，坚持“明确定位，优化结构，完善机制，提升能力”的原则，进一步深化科技体制改革，全面推进国家创新体系建设。重点实施“技术创新引导工程”，采取若干重大措施，激励企业成为创新主体。切实加强区域和地方科技工作，有效整合中央、地方科技资源，形成中央、地方科技联动，各区域科技协调发展局面。
阶段目标：培育一批具有自主知识产权、自主品牌和持续创新能力的创新型企业；在主要产业部门和大中型企业建立一批工程中心和国家工程实验室；支持形成一批产学研战略联盟。紧密结合国家区域发展战略，构建各具特色、优势互补的区域科技创新体系，带动形成一批具有区域优势和地方特色的产业集群。进一步扩大建立和完善现代科研院所制度。初步形成适应市场经济体制和科技发展规律且有效互动的国家创新体系基本框架。
（1）建设以企业为主体的技术创新体系
积极发挥经济和科技政策的导向作用，激励和引导企业真正成为研究开发投入的主体、技术创新活动的主体和创新成果应用的主体。调整国家科技计划实施机制，加大国家科技计划对企业技术创新的支持。建立与企业的信息沟通机制，国家有关科技计划要充分反映企业、产业发展的需求，项目评审要更多地吸纳企业同行参与。鼓励企业参与国家科技计划项目的实施，对重大专项和科技计划中有产业化前景的重大项目，优先支持有条件的企业集团、企业联盟牵头承担，或由企业与高校、科研院所联合承担，建立以企业为主体，产学研结合的项目实施新机制。实施“技术创新引导工程”，支持企业建立和完善各类研发机构，特别是鼓励大型企业或主要行业的龙头企业建立企业技术中心，打造企业技术创新和产业化平台，努力形成一批集研究开发、设计、制造于一体，具有国际竞争力的大型骨干企业。开展创新型企业试点，促进形成一批有特色的创新企业集群。吸引海外高层次人才回国创办高新技术企业。鼓励外资企业在我国设立研发中心，加强合作研究。鼓励企业与科研院所、高等院校联合，加强工程实验室、工程中心、企业技术中心、产业技术联盟建设，加大现有研究开发基地与企业的结合，建立企业自主创新的基础支撑平台，并着重建立面向企业开放和共享的有效机制，整合科技资源为企业技术创新服务。完善符合市场经济特点的技术转移体系，将技术转移作为科技计划和公共科技资源配置的重要内容，促进企业与高等院校和科研院所之间的知识流动和技术转移。创造各类企业公平竞争的制度环境，打破行业和市场垄断，重视和发挥民营科技企业在自主创新，发展高新技术产业中的生力军作用。国家有关计划要加大对科技型中小企业的支持力度，建立适应中小型企业创新需要的投融资机制，建立和完善支持中小企业技术创新的信息、技术交易、产业化服务的平台，营造扶持中小企业技术创新的良好环境。深化技术开发类科研机构企业化转制改革，鼓励和支持其在行业共性关键技术研究开发和应用推广中发挥骨干作用，推进国家工程技术创新基地建设和发展。
（2）建设科学研究与高等教育有机结合的知识创新体系
深化科研体制改革，明确不同类型科研机构的职责定位。以建立开放、流动、竞争、协作的运行机制为重点，探索实行理事会制度，完善所长负责制，扩大科研院所的管理自主权，健全科研管理制度规范，建立现代科研院所制度。推进社会公益类科研机构分类改革，提高改革验收后人均事业费标准，完善管理和运行机制，形成一批稳定服务于国家目标的高水平公益科研基地。实施中科院知识创新工程三期项目，在基础研究和战略高技术的若干重要领域形成一批具有国际一流水平的研究所。深化高校科研管理体制改革，加强科技创新与人才培养的结合，建设一批高水平的研究型大学。以国家目标和产业需求为导向，进一步推动科研院所、高等学校和企业在科技创新和人才培养方面的合作，促进资源共享，提高原始创新能力和科技成果转化能力。根据国家重大需求，填补研究领域空白，建设一批高水平国家研究基地。探索建立对基础研究、前沿高技术研究和社会公益类研究相对稳定的支持方式。研究建立以财政支持为主的科研机构创新绩效的评价指标体系和定期评价机制，将评价结果作为调整财政资助强度的重要依据。
（3）建设军民结合、寓军于民的国防科技创新体系
深化国防科研体制改革，以促进军民科技资源统筹配置、有效共享为重点，建设军民结合、寓军于民的国防科技创新体系。加大军民科技发展战略和科技政策的协调力度，以组织实施重大专项为突破口，统筹军民科技计划，加大民口企业和科研机构参与国防科技计划的力度，促进军民科技从基础研究、应用研究开发、产品设计制造到技术和产品采购各环节的有机衔接。加强军民两用技术研发，促进军用和民用科技的双向转移以及军民两用技术的产业化。加强军民科技资源的有效集成，建立军民科技基础设施和条件平台有效配置、合理共享的机制。加快国防科研院所体制改革，推进有条件的国防科研机构的企业化转制，探索促进军民科研结合的管理模式，促进军民创新人才的有序流动和优化组合。
（4）建设各具特色和优势的区域创新体系
根据综合协调，分类指导，注重特色，发挥优势的原则，以促进中央与地方科技力量的有机结合，推动区域紧密合作与互动，促进区域内科技资源的合理配置和高效利用为重点，围绕区域和地方经济与社会发展需求，建设各具特色和优势的区域创新体系，全面提高区域科技能力。加强区域科技规划工作，发挥中央财政配置资源的引导作用，统筹区域科技资源，形成合理的区域科技发展布局。东部地区加强高技术的研发和基地建设，大力推动我国自主创新能力和产业技术的提升与跨越,形成具有国际竞争优势的产业；中部地区充分发挥区域综合优势，重点提升农业、能源等支柱产业和新兴产业的技术水平；西部地区综合应用多种科学技术手段，保护和治理生态环境，合理开发优势资源，发展区域特色产业，形成区域创新和新经济增长极；东北地区加强高新技术改造传统产业，积极开拓新兴产业，振兴东北老工业基地。通过重大项目引导，促进跨区域的创新合作和创新联盟建设。发挥高等院校、科研机构和国家高新技术产业开发区在区域科技创新中的引领作用和区域知识扩散中的辐射作用；积极推进科技创新型试点市工作，强化区域中心城市对区域创新活动的带动作用和对区域科技资源的凝聚作用。要加强对地方科技工作的指导，强化地方科技管理部门的职责。集成中央和地方的科技资源，形成中央和地方联动的机制，支持有条件的地方组织实施国家重大科技项目。地方科技工作要以提升自主创新能力，加强科技成果转化和产业化为重点，加快先进适用技术推广应用，促进地方优势和特色产业发展与社会进步。深入实施科技富民强县行动计划，加强对县（市）科技信息平台等科技基础条件建设的支持力度，增强县（市）科技服务和支撑能力，健全县（市）科技机构，推动基层科技队伍的建设。
（5）建设社会化、网络化的科技中介服务体系
按照政府推动与市场调节相结合，发展与规范相结合，全面推进与分类指导相结合，专业化分工与网络化协作相结合的原则，以促进科技成果转化和加强创新服务为重点，建设社会化、网络化的科技中介服务体系。制定出台支持科技中介机构发展的税收政策，建立有利于各类科技中介机构发展的运行机制和政策法规环境。鼓励多种所有制投资主体参与科技中介服务活动，充分发挥高等院校、科研机构和各类社团在科技中介服务中的重要作用。把依靠中介机构完善管理和服务，作为转变政府职能的重要内容，对科技中介服务能够承担的工作，积极委托有条件的科技中介机构组织实施。通过任务委托等方式，培育骨干科技中介机构，发挥示范带动作用。大力开展培训工作，提高科技中介机构从业人员的业务水平和素质。加强行业协会建设，充分发挥行业协会在推动技术创新中的服务和协调功能。加强先进适用技术推广应用，加快农业技术推广体系改革和创新，鼓励各类农科教机构和社会力量参与多元化的农业技术推广服务。
如何加强国家创新体系建设
国家创新体系是融创新主体、创新环境和创新机制于一体，在国家层次上促进全社会创新资源合理配置和高效利用，促进创新机构之间相互协调和良性互动，充分体现国家创新意志和战略目标的系统。加快国家创新体系建设，是党和国家在新时期把握新机遇、迎接新挑战的基础性工作，具有极其重要和深远的意义。
加快国家创新体系建设的重要性和紧迫性
当前，“技术瓶颈”已成为我国经济社会发展的重要制约因素。原始性创新能力不足不利于我国进一步扩大开放，主动参与国际竞争。当代新技术革命对我国提出了严峻挑战，以信息和生物技术为代表的新技术革命极大地改变了世界的经济格局。创新能力已成为决定经济增长的关键因素，创新资源成为当今国际竞争的焦点。研究表明，世界科技发展的不均衡性要远大于世界经济的不均衡性，当代绝大多数领域的技术制高点被发达国家所控制。根据世界银行统计，在全球R＆D投入中，美国、欧盟、日本等发达国家占86％；在国际技术贸易收支方面，高收入国家获得全球技术转让和许可收入的98％。在生物工程、药物等领域，美国、欧盟和日本拥有95％左右的专利，包括我国在内的其他国家仅占4～5％。作为一个发展中大国，我国与发达国家及新兴工业化国家相比，在科学积累和技术水平方面不仅存在着巨大差距，而且在一些重要领域的差距还有不断扩大的趋势，竞争态势相当严峻。
我国的国家创新体系建设正进入新的阶段
面对各种新的形势和要求，我国科技创新战略需要进行重大的调整：一是调整科技创新战略的指导思想，更加强调原始性创新，力争实现科学技术发展的跨越；二是调整科技创新的管理体制，牢固树立“以人为本”的价值观；三是调整科技创新的工作方针，下决心做到“有所为，有所不为”，集中力量办大事；四是调整科技创新模式，从注重单项技术创新转变到更加强调各种技术的集成，强调在集成基础上形成有竞争力的产品和产业；五是调整科技创新的动员机制，充分调动和组织全社会各方面力量投入和支持科技创新。
一个国家的整体创新能力不仅来自于企业和研究机构内在活力的增加，更来自于科学的制度安排和良好的社会经济环境。当前，国家创新体系建设将进入到在国家层次上进行整体设计、系统推进的新阶段。发展环境的变化，要求我们在多年来改革与发展的基础上，以增强国家整体创新能力为目标，加速建立一个既能够发挥市场作用，又能够根据国家战略有效动员和组织创新资源，既能够激发创新行为主体自身活力，又能够实现系统各部分有效整合的国家创新体系。在这一体系中，政府将发挥更加积极和有效的作用，产学研的结合更加紧密和协调，社会资源将得到更加广泛和充分的利用，体系的对外开放程度更为扩展和延伸。根据这一思路，新时期国家创新体系建设应具有三个突出特点：（1）充分发挥市场配置资源基础性作用与强化政府宏观调控功能相结合；（2）激励微观创新机构自身活力与推进总体结构调整和系统整合相结合；（3）推进科技体制改革与强调科技、教育、经济体制改革联动相结合。
国家创新体系建设亟待解决的突出问题
一是宏观调控问题。目前我国在创新活动组织、创新资源配置和创新制度供给方面缺乏有效的宏观调控及战略协同机制。突出地表现在：一是有关部门、各地方之间在创新活动组织中彼此分割、相互脱节，重复现象仍然比较突出，无法真正做到集中力量办大事；二是军民两大研发及产业体系之间长期处于分离状态，造成两大创新体系相当程度的割裂、封闭。一些重要的研究开发活动往往在军民两个体系间重复进行，不适应当今军民技术日趋融合、高新技术两用化的趋势。
二是创新体系结构问题。目前我国国家创新体系结构总体上趋于优化，但创新机构之间相互作用的网络体系远未形成。同时，我国国家创新体系还存在明显的薄弱环节，结构性缺陷亟待加以弥补和完善。一是企业的技术创新主体地位尚未真正确立。大中型工业企业约有一半的企业没有技术开发活动，40％左右的企业研发机构没有稳定的经费来源，众多中小企业难以获得必要的技术支持。二是公益性科研机构和力量相对薄弱的问题十分突出。农业、卫生与健康、资源与环境、标准等领域的公益性研究，都远不能满足社会发展的基本需求。三是中介服务机构不健全的问题未能得到有效解决。有关科技中介服务的法律法规不健全，针对中介机构的综合性指导意见和扶持性、规范性政策几乎空白。一些中介机构服务能力不足，对政府的依赖性较强。经济欠发达地区中介服务机构发展更为滞后。
现阶段主要任务
国家创新体系建设的主要目标是：到2010年，初步建立适应社会主义市场经济体制和科技自身发展规律的国家创新体系，全社会研究开发经费占国内生产总值的比重达到2％；国家科技基础条件、创新体制和创新文化等方面的建设取得明显成效，国家重点科研基地建设达到世界先进水平，重点领域的原始性创新能力实现大的飞跃。到2020年，建立比较完善的国家创新体系，全社会研究开发经费占国内生产总值的比重达到3％，国家科技竞争力进入世界前列。
未来国家创新体系建设要着重发挥科研机构和大学在科技创新和人才培养方面的核心作用。建立以公益类院所为主体的国家公共科技供给和服务体系。加强中国科学院创新能力的建设。要通过进一步推进和深化知识创新工程试点工作，积极探索符合中国国情的现代科研院所管理制度，进一步优化学科布局，形成一支精干、高效的科学研究队伍，建设成为具有国际先进水平的科学研究基地、培养造就高级科技人才的基地和促进我国高技术产业发展的基地。其主要功能是紧紧围绕国家战略目标，承担基础性、战略性和前瞻性的研究工作，并与企业、大学及其他科研机构形成相互开放、分工合理的结构布局，在国家层次上实现创新资源的优化配置和创新成果的充分利用。进一步发挥大学在国家创新体系中的基础性作用。在未来国家创新体系建设中，大学应继续深化科研体制改革，重点开展自由探索的基础研究，同时还应新建和组建一批多学科交叉的国家重点实验室，从事围绕国家目标的基础研究和战略高技术研究，并向社会提供公共科技产品及服务。通过联合承担国家科研任务和开放实验室等，加强与科研机构之间的结合。通过加强研究型、综合性大学建设，大力培养优秀创新人才，促进自然科学与社会、人文科学的深入融合。此外，大学还应当成为区域研究开发中心，并不断通过向产业的技术转移和扩散，提升区域创新能力。
同时，要确立企业在技术创新中的主体地位，使企业真正成为技术创新的主体，是国家创新体系建设的核心任务之一。目前我国产业结构调整已进入创新主导的发展过程，企业发展将由重点提高生产能力转向重点提高创新能力，企业技术需求和技术投资能力也大大提高。因此，国家应当采取积极的措施，为各种类型的企业提供公平有效的创新支持，真正确立企业在技术创新中的主体地位。企业应当成为技术创新投入和组织的主体，在全社会R＆D投入中发挥更加积极的作用，并利用和集成企业内外的各种要素和资源，解决企业乃至行业发展中的重大技术性问题。当前的重点工作应当是：进一步加强国有大中型企业技术创新机构和能力的建设，发展以企业为主导的工程技术中心，引导企业调整、制订创新发展战略，加大对创新的投入；进一步发挥民营企业在高新技术产业化方面的积极作用，鼓励民营企业参与国家和地方重大科技计划；进一步引导转制科研机构加强应用基础研究和增强持续创新能力，在相应产业领域发挥先导和支撑作用；进一步鼓励外资企业在我国设立研发中心，开展本土化的创新活动。同时大力促进产学研的结合与互动，支持企业与大学、科研机构通过共同建立实验室或研发机构、共同承担国家任务等形式，加强多种形式的合作研究，推动企业广泛建立技术创新战略联盟。